肉毒桿菌的芽孢廣泛分布于土壤，泥漿，下水道污物，沼澤沉淀物；湖水，近海海水，動物魚類的腸道消化物中。蔬菜水果也可能被土壤中的肉毒桿菌芽孢所污染，魚類體內的芽孢主要受水和沉淀物影響。我們吃的食物中含的肉毒桿菌芽孢可能來自以上各種地方，肉毒桿菌芽孢在合適的溫度、適度、營養(yǎng)物質等適于生長的環(huán)境下時就會開始繁殖，產生肉毒桿菌。 肉毒桿菌A型和B型芽孢更多地分布于土壤，下水道污物和動物排泄物中；而肉毒桿菌E型芽孢則更多地在海洋環(huán)境中被發(fā)現(xiàn)。在美國，A型芽孢主要分布在西部而B型芽孢更多地分布在東部。